Nhờ bón phân mà phẩm chất nông sản được nâng cao, sản phẩm khi thu hoạch sáng đẹp về hình thức, chất lượng thực phấm cao…
Tuy nhiên, bón phân không hợp lý sẽ làm ảnh hưởng lớn đến phẩm chất nông sản, nhất là các loại nông sản dùng làm thức ăn cho người và gia súc.
Qua nghiên cứu người ta nhận thấy, sự cung cấp quá lượng đạm và không hợp lí làm tăng lượng nitrat trong nông sản là nguyên nhân tăng bệnh ung thư và một số bệnh khác. Bón phân kali quá nhiều sẽ gây ra sự thiếu magiê, natri. Trường hợp thiếu lân gây ra sự tích lũy quá nhiều isoflavin trong cỏ, có thể gây độc cho gia súc khi ăn phải.
Từ thực tiễn người ta nhận thấy, năng suất và phẩm chất không đồng nhất mà nhiều trường hợp có tỷ lệ nghịch với nhau, năng suất tăng phẩm chất giảm, hiện tượng này thường gặp phải khi bón phân đạm. Với cây rau, nếu bón nhiều phân đạm năng suất tăng nhưng rau nhiều nước, lượng đường và vitamin giảm xuống, rau tích luỹ nhiều nitrat gây hại.
Khi cung cấp cho cây trồng quá thừa hoặc quá thiếu phân bón đều gây bất lợi cho sự sinh trưởng và phát triển của nó. Mà yếu tố đạm có biểu hiện rõ nhất lên nông sản, khi quá thừa hoặc quá thiếu. Còn đối với các yếu tố lân, kali và vi lượng, sự giảm sút chất lượng khi quá thiếu hoặc mất cân đối đối với các yếu tố khác mà cây trồng cần.
